一八八一年投清军衡字营当列兵。

一八八三年法军入侵越南和中国西南边境，他随军参加抗法战争，以作战勇敢而出名。这次战役后，因他作战勇敢，除受嘉奖外；云桂总督岑琉英亲自给他“嘉喜一等奋勇”，破格越级提拔为军官，“奏准以千总补用”。

中法战争结束后，他带兵驻守滇缅边界，功绩显著，升任都司衔蓝翎守备。

光绪二十六年(1900年)，在浙江一带，为浙江巡抚刘树棠及省防统领李庆堂所器重，委为两浙新中军左营管带，镇守三门湾，剿办宁波、温州、台州一带“海匪”。

辛亥革命爆发，黎天才驻守上海吴淞，革命党人争取他起义反清，他积极响应。与其他起义军和上海民众一起光复上海及附近地区，任沪军都督府吴淞军政分府水陆军统领。

随后，他与各地起义军统领到镇江商讨会攻南京，组成攻宁总司令部。十一月十四日他率沪淞军从上海奔赴南京，迅速攻占南京外围乌龙、莫府两山，为攻取南京创造了有利条件。

南京攻克后，他被推举为江南第一镇统制，留守湖北，任江南留鄂第一师师长，授陆军中将、二等文虎章、二等嘉禾章。

一九一五被任命为襄郧镇守使、陆军第十一师师长。次年改任陆军第九师师长兼襄（阳）、郧（西）镇守使。

这是一位从农民到将军的爱国将领。

王占元虽然不对自主军进攻，但是湖北西部还有另一支属于皖系的军队，那就是由四川败退到宜昌的吴光新军。

吴光新在四川打了败仗，很想收复荆、襄，立功赎罪。他的力量虽不强大，可是荆、襄两地自主军在地形上互相隔离，并且各自为政，互不配合，便于敌方各个击破。

王占元自己不愿进攻自主军，也不愿假手别人，尤其是吴光新。他深知，倘若吴光新剿平了自主军，对他是有更大的威胁。

只是他不能公开反对吴光新对自主军的进兵，处境也更为尴尬。

河南汝州的自主更增加了问题的复杂性，河南督军赵倜虽名列主战派，可是他不是北洋派的正统，汝州在河南西南部，与湖北西北部襄樊毗连，如果两个地区的自主军合流，对赵倜也是一种威胁。