“教育独立”的主要思想是表现在两个方面：

其一是教育应独立于政党。

教育要平衡发展人的个性和群性，政党则不然，它要造成一种特殊的群性，为本党服务，抹杀受教育者的个性。教育是求远效的，着眼于未来，其效果不可能在短期内表现出来，所以讲“百年树人”。而政党是求近功的，往往只考虑眼前的利益。

在政党政治背景下，政权在各党派之间更迭，由政党掌管教育，必然会影响教育方针政策的稳定，影响教育的成效。所以主张教育要超脱各派政党之外。

其二是教育应独立宗教。

教育讲究尊重个性，而宗教总是要人盲从。教育追求前进，而宗教趋于保守，尤其是教会学校借办学诱使青年信奉基督教，更是害人不浅，所以教育要摆脱宗教的影响。

蔡元培是教育独立的积极主张者。

1922年初，蔡元培在《新教育》杂志上发表《教育独立议》，提出：“教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。”

李石曾发表《教育独立建议》，主张教育立法采用议会制，教育行政采用合议制。

1922年2月，全国教育独立运动会在北京高等师范学校召开成立大会，发表教育独立宣言书，要求教育经费独立和教育制度独立。主张教育清高说、教育中正说、教育至上说的人一般均持此观点。

蔡元培认为教育独立应该包括：

第一，经费独立，要求政府划出某项固定收入，专作教育经费，不能移用。